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牡丹江医学院由1946年始建的牡丹江专区医院、1956年始建的黑龙江省卫生干部进修学校于1958年共同创建，是黑龙江省东南部地区唯一一所省属普通本科医药院校,著名历史学家郭沫若先生题写了校名。1997年一次性通过教育部本科教学合格评价。2006年在教育部本科教学水平评估中，专家组给予了优秀评价。2010年被列为黑龙江省特色应用型本科高校。2012年被评为全国首批卓越医生教育培训计划项目试点高校。2015年被授予“全国文明单位”称号，在教育部临床医学专业认证中获得了6年有效期，居地方医学院校领先水平。2016年在国家本科教学审核评估中获得专家组高度评价。2020年被选为黑龙江省特色应用型本科示范高校。
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