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1958年7月，为加快安徽建设，改变皖北地区人民群众缺医少药的局面，国家决定由原上海第二医学院（现上海交通大学医学院）以及安徽医学院（现安徽医科大学）援建创立蚌埠医学院。

学校是国家首批卓越医师教育培养计划试点高校、全国首批专科医师规范化培训基地、国家级大学生创新创业实践基地和国家级大学生校外实践教育基地、教育部临床医学“5+3”改革试点高校。学校是国家首批具有学士和硕士学位授予权单位，是教育部硕士研究生推免高校，是陆军军医大学、暨南大学博士研究生联合培养单位，是安徽省博士学位授予立项建设单位，是安徽省博士后岗位设置单位。