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阿克塞哈萨克族自治县位于甘肃河西走廊西陲，青藏高原北缘。东接肃北蒙古族自治县，北靠敦煌市，西与新疆维吾尔自治区隔戈壁相望，南依塞什腾山与青海省为邻。敦格铁路、柳格高速、甘青藏公路穿越南北，地理位置十分重要。
阿克塞哈萨克族自治县总面积3.14万平方公里，约占全省总面积的8.56％，其中耕地占0.01％，天然草场占29.56％，林地占0.09％，荒地沙漠占68.22％，城镇占1.56％，河流、湖泊占0.56％。
境内山大沟深，地形复杂。全县地形狭长，东西长425公里，南北宽125公里。东南高而西北低，海拔1500米至5798米，平均海拔3200米左右，阿尔金山、党河南山与塞什腾山之间(苏干湖盆地)广布戈壁沙漠，高原盆地－－苏干湖地表平坦，海拔2800～3000米。
